Os contaminantes naturais, como as micotoxinas, são uma das principais ameaças à segurança alimentar, sendo que as micotoxinas que mais recebem destaque são as aflatoxinas, as quais derivam da metabolização secundária dos fungos Aspergillus flavos e algumas espécies de Penicillium. Há quatro tipos principais de aflatoxinas encontradas nos vegetais, sendo elas – B₁, B₂, G₁ e G₂, sendo que para sua detecção, é importante definição metodológica para resultados fidedignos de monitoramento.  Considerando que a presença de organismos fúngicos em alimentos produz resíduos tóxicos, como as aflatoxinas, e sendo que esses contaminantes são altamente tóxicos e carcinogênicos, objetiva-se com o presente trabalho abordar metodologias analíticas para detecção desse tipo de micotoxina em alimentos. Trata-se de um estudo de revisão bibliográfica, realizada na literatura nacional e internacional das bases de dados, Medline, Scielo e Pubmed, abrangendo estudos publicados nos últimos 6 anos. Os descritores utilizados foram: “Aflatoxinas” e “Análise bromatológica” e “Micotoxinas”. Os artigos foram selecionados tendo como critérios sua relevância, atualidade e intimidade com o tema abordado, excluindo-se àqueles que não se encaixaram nesses critérios. As micotoxinas são metabólitos fúngicos secundários e se enquadram como um contaminante natural altamente tóxico e carcinogênico. Dentre as principais micotoxinas, têm-se as aflatoxinas (AF, sendo as principais: B₁, B₂, G₁ e G₂) que são produzidas por Aspergillus flavos e algumas espécies de Penicillium, fungos presentes em produtos agrícolas. Para todas as metodologias descritas, antes de se realizar a extração das AF, deve-se triturar as amostras de alimentos a serem analisadas, e após, utilizar solventes (que em sua maioria são de caráter polar) para a infusão, e após, realizar a filtragem da amostra a ser submetida ao ensaio. Um grande número de técnicas analíticas foram desenvolvidas para análises de micotoxinas em alimentos, e dentre elas, pode-se citar a cromatografia em camada fina (TLC), ensaio imunossorvente ligado a enzima (ELIZA), cromatografia gasosa (GC) e cromatografia líquida (LC) utilizando diversos detectores.  Dentre os insaios imunológicos o ELISA está entre os métodos mais utilizados na pesquisa de aflatoxinas em alimentos, sendo acompanhada dos testes RIA (radio-imuno-assay), e IAC (immunoaffinity chromatography). A cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) destina-se as colunas de imunoafinidade à purificação das amostras, apresentando a possibilidade de análise quantitativa de maneira superior aos demais ensaios, sendo uma técnica mais em conta e mais reprodutível. O ELISA é utilizado como um teste qualitativo de triagem e apresenta confiabilidade, eficiência e praticidade na detecção e quantificação das AF. O ELISA e o RIA são baseadas na competição de ligação entre a toxina não marcada advinda da amostra e a toxina marcada sobre os locais específicos do anticorpo. Os achados bibliográficos permitem concluir que até o momento, a cromatografia líquida de alta eficiência (HPLC) e com revelação por detector de fluorescência tem sido a técnica mais utilizada dentre as metodologias disponíveis para detecção de AF, devido à sua alta sensibilidade e baixos custos.