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O vírus da cinomose canina (CDV, canine distemper virus) é o agente etiológico de uma das principais infecções de cães domésticos e que também causa doença em outras famílias de carnívoros. A cinomose canina apresenta evolução variada (aguda, subaguda ou crônica) e sinais multissistêmicos, sendo caracterizada por graves sinais neurológicos em alguns animais. A infecção é altamente contagiosa e pode ocasionar elevadas taxas de letalidade. Dados recentes têm mostrado um aumento global na incidência da doença, incluindo até populações de cães vacinados. O CDV pertence ao gênero Morbillivirus, família Paramyxoviridae. A partícula viral é composta por diferentes proteínas, sendo que a Hemaglutinina (H) é a principal glicoproteína do envelope, responsável pela ligação aos receptores da célula do hospedeiro e que apresenta grande diversidade entre cepas. Conseqüentemente a análise do gene H é bastante utilizada para monitorar a variabilidade genética entre as diferentes linhagens de CDVs circulantes no mundo. O objetivo do presente estudo foi caracterizar o CDV de amostras de cães com cinomose atendidos no Hospital da ULBRA entre janeiro de 2010 e julho de 2012. Foram obtidas amostras de 184 cães de diversas idades (média de 28,3 meses) com sinais compatíveis com a doença, como conjuntivite/secreção ocular, secreção nasal, gastrenterite e manifestações neurológicas. A infecção pelo CDV foi confirmada em 91 (49,4%) dos cães pelo teste imunocromatográfico rápido (55 casos) e/ou técnica de nested-RT-PCR do gene N (Nucleocapsídeo) (83 casos). O desfecho foi registrado para 168 animais, sendo 104 (61,9%) com alta e 64 (38,1%) com óbito, dos quais 35 (20,8%) sendo encaminhados para eutanásia. Foram então selecionadas 25 amostras (16 de 2010, 8 de 2011 e 1 de 2012) para amplificação e seqüenciamento de região parcial do gene H e comparação com dados de amostras vacinais e de casos clínicos de todo o mundo. A análise filogenética mostrou que todas as amostras de CDV do nosso estudo agruparam em um mesmo clado, juntamente com outras 4 amostras previamente seqüenciadas no Brasil (estado do Paraná) em 2007, 5 amostras do Uruguai (uma de 2007, 2 de 2008 e 2 de 2009) e duas amostras da Argentina (ano de 2003). Estas amostras foram recentemente classificadas como linhagem South America 1 (Panzera et al., 2012. Virus Res 163 (2012) 401-404). Na análise comparativa das sequências de aminoácidos das amostras sul-americanas, ocorreram pequenas diferenças pontuais nas posições 335 (Isoleucina nas brasileiras, argentinas e duas uruguaias e Valina nas demais uruguaias) e 416 (Serina nas brasileiras e argentinas e Asparagina nas uruguaias). Na posição 530 foi observado que todas as cepas South America 1 tinham Glicina, enquanto na posição 549 as cepas usualmente apresentavam Tirosina, contudo 3 cepas brasileiras tinham Histidina. Todas as amostras apresentaram uma alta divergência da sequência de aminoácidos em relação às cepas vacinais com índices acima de 8%. Estes dados indicam a provável circulação de uma única linhagem nos últimos anos no Sul do Brasil.